20200424_Writable_Arrow_Fdw

20200424_Writable_Arrow_Fdw

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  Writable Arrow_Fdw HeteroDB,Inc Chief Architect& CEO KaiGai Kohei <kaigai@heterodb.com>
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  Arrowって何よ？（1/3） ▌Apache Arrow 形式 構造化データを列形式で保存・交換するためのデータ形式。  “ビッグデータ処理” 向けデータ交換の形式として広く利用されつつある。 ✓Spark、Impala、Drill、Python (PyArrow)、R、etc...  整数、実数、日付時刻、文字列など基本的なデータ型を定義。 NVIDIA GPU PostgreSQL / PG-Strom PostgreSQL Unconference Apr-20202
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  Arrowって何よ？（2/3） ▌Apache Arrow形式の内部構造  Header •“ARROW1¥0¥0” という文字列。  Schema Definition • 列定義情報。データ型、列名、列番号など。  Record Batch • 一定の行数のデータを列形式で配置したブロック • 例えば、N = 100万行で (Int32, Float64) というデータ 定義なら、Int32が100万個並び、次いで Float64 が 100万個並んでこの領域に書き込まれる。  Dictionary Batch • 辞書圧縮のための領域。 1 = 東京都、2 = 神奈川県、3 = 大阪府、、、 • 処理系がきちんと対応していたら褒めてあげて。  Footer • RecordBatchやDictionaryBatchのオフセット、サイズな どの情報を保持する。 Header “ARROW1¥0¥0” Schema Definition DictionaryBatch-0 RecordBatch-0 RecordBatch-k Footer • DictionaryBatch[0] (offset, size) • RecordBatch[0] (offset, size) : • RecordBatch[k] (offset, size) Apache Arrow ファイル PostgreSQL Unconference Apr-20203
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  Arrowって何よ？（3/3）－参考：列データと可変長データ ▌詳しく知りたい方は、@stou さんの発表資料をご覧ください  ApacheArrow 東京ミートアップ https://www.slideshare.net/kou/apachearrowtokyomeetup2018  Apache Arrowの最新情報（2019年9月版） https://www.clear-code.com/blog/2019/9/30.html 列A (Int32) - nullmap 列A (Int32) - values 列B (Utf8) - nullmap 列B (Utf8) - offset 列B (Utf8) - values RecordBatch 1101101 12 34 0 56 78 0 89 列A (Int32) - nullmap 列A (Int32) - values 1101101 0 5 8 8 13 17 17 列B (Utf8) - nullmap 列B (Utf8) - offset 列B (Utf8) - values ‘R’ ‘a’ ‘m’ ‘e’ ‘n’ ‘I’ ‘c’ ‘e’ ‘C’ ‘u’ ‘r’ 21 文字列長 = offset[i+1] - offset[i] PostgreSQL Unconference Apr-20204
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  Arrow_Fdwって？（1/2） PostgreSQL Table Foreign Table file_fdw Foreign Table Arrow_fdw CSVファイルApache Arrow ファイル CSV➔Heap変換 ArrowHeap変換 Apache Arrow形式のファイルを、 あたかも PostgreSQL のテーブル であるかのように読み書きする ためのドライバ機能 PostgreSQL Unconference Apr-20205
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  Arrow_Fdwって？（2/2） ファイルをコピーするだけでデータのインポートが完了する。 データ ソース Apache Arrow INSERT INTO... COPY FROM ... cp -f /path/from/source /path/to/destination • バイナリ互換データ形式 • 非トランザクショナル 従来の方法 • テキスト ➔ バイナリ変換 • トランザクションログにも書き出し PostgreSQL Unconference Apr-20206
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  ログ収集デーモン： 想定利用シーン：IoT/M2Mログの集計・解析処理 PostgreSQL Unconference Apr-20207 ManufacturingLogistics Mobile Home electronics なぜApache Arrowか？  分析のためにDBへデータを取り込む時間が馬鹿にならない。  列データ形式なので、プロセッサ・I/Oの使用効率が高い。 JBoF: Just Bunch of Flash NVME-over-Fabric (RDMA) DB管理者 BIツール（可視化） 機械学習アプリケーション （E.g, 異常検知など） 共通データ フレーム PG-Strom
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  Apache Arrowファイルの作り方 ▌バイナリをゴニョる。  KaiGaiの俺メモ：Diveinto Apache Arrow（その１） https://kaigai.hatenablog.com/entry/2019/01/14/144040 ▌Pythonなどでライブラリを利用  例えば、PyArrowのIPCモジュールを使って Data Frame を書き出す、など。 ▌pg2arrow / mysql2arrow コマンド  PostgreSQLやMySQLで実行したクエリの結果を Arrow 形式で書き出す ためのコマンド。  使用例） % pg2arrow -h localhost -d pgsql ¥ -c ‘SELECT * FROM hoge’ ¥ -o /dev/shm/hoge.arrow ▌書き込み可能 Arrow_Fdw 外部テーブル  Arrow_FdwへのINSERTをRecordBatchの追加と捉えて、外部テーブルの背後に 存在する Apache Arrow ファイルへ追記するための機能。 PostgreSQL Unconference Apr-20208
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  Writable Arrow_Fdw 外部テーブルを定義する ▌ポイント ①外部テーブルのバックエンドに指定するファイルは１個だけ ② writableオプションに ‘true’ を指定する。 ▌定義例 =# CREATE FOREIGN TABLE ft ( id int, x real, y real, z real ) SERVER arrow_fdw OPTIONS (file '/dev/shm/ft.arrow', writable 'true'); CREATE FOREIGN TABLE PostgreSQL Unconference Apr-20209
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  Writable Arrow_Fdw 外部テーブルにINSERTする =#INSERT INTO ft (SELECT x, pgstrom.random_float(1, -1000, 1000), pgstrom.random_float(1, -1000, 1000), pgstrom.random_float(1, -1000, 1000) FROM generate_series(1,500) x); =# SELECT * FROM ft limit 10; id | x | y | z ----+------------+------------+------------ 1 | -796.3072 | -980.48663 | 854.43024 2 | -167.9222 | 860.1901 | 158.72714 3 | 257.10052 | 835.6227 | 536.2602 4 | 34.197735 | 328.64984 | 427.6224 5 | -713.2156 | 27.131866 | 156.22997 6 | -271.762 | 20.40196 | 526.8236 7 | -251.07478 | -567.57733 | 623.1641 8 | -936.90576 | -843.47284 | -65.439545 9 | -908.04553 | 426.0469 | -399.97433 10 | -549.8333 | 651.3198 | 792.652 (10 rows) PostgreSQL Unconference Apr-202010
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  生成された Apache Arrowファイルを確認する $ python3 >>> import pyarrow as pa >>> f = pa.ipc.open_file('/dev/shm/ft.arrow') >>> f.schema id: int32 x: float y: float z: float >>> f.get_record_batch(0).to_pandas() id x y z 0 1 -796.307190 -980.486633 854.430237 1 2 -167.922195 860.190125 158.727142 2 3 257.100525 835.622681 536.260193 3 4 34.197735 328.649841 427.622406 4 5 -713.215576 27.131866 156.229965 .. ... ... ... ... 495 496 759.468506 866.489990 -883.853699 496 497 997.161987 70.487015 -544.648804 497 498 -883.911377 647.152466 -504.539886 498 499 -803.238892 -566.325012 -612.984070 499 500 40.926250 -209.205719 911.291443 [500 rows x 4 columns] 当然だが、SQLで 確認した結果と同じ PostgreSQL Unconference Apr-202011
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  Arrowファイルへの追記メカニズム Header “ARROW1¥0¥0” Schema Definition DictionaryBatch-0 RecordBatch-0 RecordBatch-k Footer •DictionaryBatch[0] • RecordBatch[0] : • RecordBatch[k] Arrowファイル（追記前） Header “ARROW1¥0¥0” Schema Definition DictionaryBatch-0 RecordBatch-0 RecordBatch-k Footer (new revision) • DictionaryBatch[0] • RecordBatch[0] : • RecordBatch[k] • RecordBatch[k+1] Arrowファイル（追記後） RecordBatch-(k+1) オリジナルの フッターを 上書きする １回の INSERT で 書き込まれた内容 PostgreSQL Unconference Apr-202012
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  Arrowファイルへの追記メカニズム Header “ARROW1¥0¥0” Schema Definition DictionaryBatch-0 RecordBatch-0 RecordBatch-k Footer •DictionaryBatch[0] • RecordBatch[0] : • RecordBatch[k] Arrowファイル（追記前） Header “ARROW1¥0¥0” Schema Definition DictionaryBatch-0 RecordBatch-0 RecordBatch-k Footer (new revision) • DictionaryBatch[0] • RecordBatch[0] : • RecordBatch[k] • RecordBatch[k+1] Arrowファイル（追記後） RecordBatch-(k+1) オリジナルの フッターを 上書きする Footer • DictionaryBatch[0] • RecordBatch[0] : • RecordBatch[k] 元のフッタのイメージと オフセット、サイズを バックアップしておけば、 ロールバックも可能 PostgreSQL Unconference Apr-202013
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  ROLLBACKもできるYO!! postgres=# INSERT INTOft VALUES (1,'Tokyo'),(2,'Osaka'); INSERT 0 2 postgres=# BEGIN; BEGIN postgres=# INSERT INTO ft VALUES (3,'Nagoya'),(4,'Kyoto'); INSERT 0 2 postgres=# SELECT * FROM ft; id | x ----+-------- 1 | Tokyo 2 | Osaka 3 | Nagoya 4 | Kyoto (4 rows) PostgreSQL Unconference Apr-202014
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  ROLLBACKもできるYO!! postgres=# SAVEPOINT sv; SAVEPOINT postgres=#INSERT INTO ft VALUES (5, 'Yokohama'); INSERT 0 1 postgres=# SELECT * FROM ft; id | x ----+---------- 1 | Tokyo 2 | Osaka 3 | Nagoya 4 | Kyoto 5 | Yokohama (5 rows) PostgreSQL Unconference Apr-202015
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  ROLLBACKもできるYO!! postgres=# ROLLBACK TOsv; ROLLBACK postgres=# SELECT * FROM ft; id | x ----+-------- 1 | Tokyo 2 | Osaka 3 | Nagoya 4 | Kyoto (4 rows) postgres=# ABORT; ROLLBACK postgres=# SELECT * FROM ft; id | x ----+------- 1 | Tokyo 2 | Osaka (2 rows) PostgreSQL Unconference Apr-202016
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  Writable Arrow_Fdwの制限事項 ▌INSERTのみサポート  UPDATE/ DELETEはできません。  そもそも Apache Arrow はそういうファイル形式ではありません。 ▌同時に書き込みできるのは１トランザクションのみ  バルクロード以外の用途で使うとは思っていないので…。 ▌データを消去したい時は TRUNCATE で消去した後、再ロード  と、思ったら、PostgreSQL v13では外部テーブルの TRUNCATE が入らなかったので、当面の間は代わりに↓を。。。 pgstrom.arrow_fdw_truncate(regclass) PostgreSQL Unconference Apr-202017
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  関連情報 ▌リポジトリ  https://github.com/heterodb/pg-strom ※ Arrow_FdwはPG-Stromの機能の一つとして実装されています ▌ドキュメント PG-Strom公式ドキュメント：列指向データストア (Arrow_Fdw) http://heterodb.github.io/pg-strom/ja/arrow_fdw/ ▌パッケージの入手  HeteroDB Software Distribution Center https://heterodb.github.io/swdc/ PostgreSQL Unconference Apr-202018
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  お知らせ ー GPU版PostGISのテストケースを作る人募集 https://heterodb.com/recruit/ PostgreSQLUnconference Apr-202019